Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Yucca aloifolia, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 43450 para 23862 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


As amostras Ya_I_S02.5h_R2, Ya_I_S04.13h_R2 e Ya_D_S06.21h_R2 são claramente outliers e serão removidas. De acordo com o dataset estas amostras apresentaram uma porcentagem de alinhamento no kallisto, mais baixa que as demais amostras.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 22


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 23849
## Genes agrupados em módulos: 16227
## Genes não agrupados: 7622

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Yucca aloifolia (CAM)

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 479 4    0.7615                     7                       35        2.095238     0.6914328
## 454 4    0.7740                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 455 4    0.7735                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 456 4    0.7730                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 457 4    0.7725                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 37  3    0.7820                     6                       33        1.428571     3.1060810
## 29  3    0.7860                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 30  3    0.7855                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 31  3    0.7850                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 480 4    0.7610                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 481 4    0.7605                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 482 4    0.7600                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 483 4    0.7595                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 20  3    0.7905                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 21  3    0.7900                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 22  3    0.7895                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 23  3    0.7890                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 24  3    0.7885                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 25  3    0.7880                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 26  3    0.7875                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 27  3    0.7870                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 28  3    0.7865                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 17  3    0.7920                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 18  3    0.7915                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 19  3    0.7910                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 15  3    0.7930                     6                       38        1.296296     3.7573759
## 16  3    0.7925                     6                       38        1.296296     3.7573759
## 478 4    0.7620                     6                       38        2.047619     0.9293024
## 7   3    0.7970                     6                       39        1.296296     4.3456776
## 8   3    0.7965                     6                       39        1.296296     4.3456776
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 3
## I = 0.782
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 6 
## Number of shared nodes: 6 
## Number of isolated nodes: 33 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : YA001 YA002 YA005 YA006 YA007 YA008 YA010 YA011 YA014 YA015 YA016 YA017 YA018 YA019 YA020 YA025 YA029 YA030 YA033 YA035 YA037 YA038 YA039 YA040 YA041 YA042 YA043 YA044 YA045 YA046 YA047 YA048 YA049 YA051 YA052 YA053 YA054 YA056 YA057 YA095 
## Community 2 : YA068 YA070 YA071 YA073 YA074 YA075 YA076 YA077 YA078 YA079 YA080 YA081 YA082 YA083 YA084 YA085 YA086 YA087 YA088 YA099 YA100 YA101 YA102 YA103 YA104 YA105 YA106 YA107 
## Community 3 : YA091 YA092 YA093 YA096 YA106 
## Community 4 : YA023 YA024 YA025 YA026 YA030 
## Community 5 : YA033 YA034 YA043 
## Community 6 : YA002 YA003 YA004 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## YA002 YA025 YA030 YA033 YA043 YA106 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## YA009 YA012 YA013 YA021 YA022 YA027 YA028 YA031 YA032 YA036 YA050 YA055 YA058 YA059 YA060 YA061 YA062 YA063 YA064 YA065 YA066 YA067 YA069 YA072 YA089 YA090 YA094 YA097 YA098 YA108 YA109 YA11 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.